智能卡的主要功能之一是電子支付，包括基于internet平臺為電子商務服務的在線支付。在internet上，智能卡基本上有兩種在線支付模式，即智能卡的在線支付模式和離線支付模式，這兩種支付方式都相當安全。它們都使用私人/公共密鑰加密技術、數字簽名、數字摘要和數字證書技術。

由于智能卡存儲能力強，電子現金等網絡貨幣可以存儲在其卡中，因此持卡人可以使用智能卡離線支付。

所謂離線支付，并不意味著智能卡與持卡客戶或商家的計算機離線，而是指使用智能卡進行網絡支付時，智能卡讀卡器不需要與發卡銀行的網絡實時連接，即直接通過讀卡器而無需銀行的實時中介支付處理／完成支付結算的寫作功能。

智能卡的離線支付使持卡人的在線支付行為不再受到網絡質量和銀行處理效率的影響，使支付更加方便快捷，擴大了智能卡的使用范圍。

但是，離線支付必須使用閱讀／信用卡設備，基本上只適用于存儲電子現金、電子零錢和其他在線貨幣的智能卡，因為只有這些在線貨幣的轉移不需要銀行的實時中介。

1、智能卡持卡人向發行電子現金的銀行申請電子現金，下載并存入智能卡。

2、持卡人在網上商家網站上選擇購買的商品，填寫訂單，選擇智能卡支付。

3、在支付時，將智能卡插入智能卡讀卡器。

4、客戶輸入智能卡PIN，確認支付金額。

5、讀卡器自動比較客戶輸入的PIN和卡中的PIN。如果一致，打開智能卡，接受支付請求。

6、讀卡器將客戶智能卡中的電子現金發送給商家（也許商家也使用智能卡存儲電子現金）。在此過程中，讀卡器需要檢查黑名單，核實資金是否足夠，更新付款后的余額，并將交易記錄登記到自己的日志文件和客戶的智能卡中。